プロテオーム受託解析

二次元電気泳動受託解析サービスについて


二次元電気泳動法は、タンパク質の2種類の性質をもとにし、異なる二段階の泳動操作を行ってタンパク質を分離する方法です。当社の受託解析作業では、一次元目に固定化pH勾配ゲルストリップ(Immobiline DryStrip (GE Healthcare)など)を使用した等電点電気泳動によりタンパク質の等電点で分離し、二次元目はSDSポリアクリルアミドゲルによりタンパク質の分子量で分取する方法を用います。
  
一次元目に固定化pH勾配ゲルストリップを使用する事により、数千個のタンパク質をスポットとして高精度に分離する事が可能です。また、同一タンパク質であっても、翻訳後修飾(リン酸化など)の異なるタンパク質の分離・検出も可能です。二次元電気泳動実験で取得したSDSポリアクリルアミドゲルは、蛍光染色(SYPRO Ruby)を行う事により、微量なタンパク質のスポットも検出可能です。
数千個以上のタンパク質の変動は、専用の画像解析ソフトウェア(SameSpots)を使用し、2倍以上の変動しているタンパク質のスポット群を報告させて頂きます。また、全てのスポット群の変動状態の詳細を確認できるデジタルデータをお渡しします。
変動しているタンパク質に関しては、蛍光染色で僅かに検出されているタンパク質も同定する為に、LC-MS/MSによる質量分析解析を行います。LC-MS/MSの解析結果は、専用のソフトウェア(Scafford)を使用して詳細情報が確認できます。
  
当社は二次元電気泳動装置の販売メーカーでもあり、国内で300を超えるユーザー様の実験にご利用頂いており、多くのユーザー様のサンプル解析をサポートした実績があります。

 

 



二次元電気泳動受託解析の流れ


STEP1:受託解析のお申し込み

受託解析のご依頼は、WEBメール などにて、ご連絡下さい。
担当者から受託解析の内容確認を、ご連絡させて頂きます。

サンプルの抽出条件から、ご相談させて頂きます。
有償にて、サンプル抽出作業を行う事も可能です。
当社でサンプル抽出を行う場合の組成は、7M Urea、2M Thiourea、32.5mM CAHPS、0.1M DTT、2.5% Pharmalyte pH3-10 です。
タンパク濃度が低いサンプル、もしくは、脱塩処理が必要なサンプルに関しては、アセトン沈殿処理も行います。
論文などで報告されているサンプル抽出条件に合わせたい場合は、ご相談下さい。
 

STEP2:二次元電気泳動解析

二次元電気泳動実験は、一次元目の固定化pH勾配ゲルストリップのpH範囲条件(pH4~7 と pH3~10NL)と、二次元目のSDSポリアクリルアミドゲルの濃度条件(10.0% と 12.5%)から選択して頂きます。初めて二次元電気泳動実験を行うサンプルに関しては、一次元目のpH範囲条件はpH4~7、二次元目の濃度条件は12.5%がお薦めです。
二次元電気泳動実験を行ったSDSポリアクリルアミドゲルは、SYPRO Ruby(蛍光染色液)にて染色を行いまして画像撮影を行います。
蛍光染色法は、微量なタンパク質スポットも検出可能で、質量分析解析でも良好な結果が得られます。

実験例:マウス肝臓サンプル

実験例:マウス肝臓サンプル

湿重量に対し4倍抽出液にて可溶化し、18ulにて実験した画像。
1次元目:18cm Immobiline DryStrip (GE Healthcare) pH4‐7
2次元目:12.5% SDSポリアクリルアミドゲル
染色方法:SYPRO Ruby蛍光染色

撮影画像から最適な画像を使用して、二次元電気泳動画像解析ソフトウェア・SameSpots(Totallab社)を使用して解析作業を行います。
画像解析の結果から、2倍以上変動しているタンパク質スポット群を報告させて頂きます。

実験例:マウス肝臓サンプル

実験例:2倍以上変動しているタンパク質スポット群の位置と詳細情報

報告書に添付しますCD-ROMには、検出された全てのスポットの情報が閲覧できるデジタル情報があります。閲覧は、Windows PCのWEB閲覧ソフトウェアを使用します。また、全てのスポットのExcelデータもあります。

実験例:マウス肝臓サンプル

実験例:全てのスポットの拡大画像、ヒストグラム、数値情報が閲覧可能

左図のタンパク質スポットは、1.6倍の変化量ですので、通常の報告書には記載ありません。スポットの囲み方などを修正すると2倍以上に変化する可能性も有りますので、全スポットの解析情報をお渡しします。
ユーザー様の質量分析装置で解析を行う場合は、報告書と合わせて実験で取得したSDSポリアクリルアミドゲルを返却致します。SDSポリアクリルアミドゲルは、蛍光染色のため、目視でタンパク質スポットを確認する事はできません。銀染色、または、CBB染色で再染色を行いますと目視化する事は可能です。有償にて、SDSポリアクリルアミドゲルから、目的スポットの回収作業を行う事も可能です。


STEP3:質量分析解析

SDSポリアクリルアミドゲルから、目的スポットの回収作業を行いまして、ハイブリッドフーリエ変換LC-MS/MS Q Exactive(Thermo Scientific社)などの優れた質量精度を誇る質量分析装置にて、米国にて解析を行います。
蛍光染色で薄くしか確認できないスポットでも同定は可能です。
質量分析解析の結果は、Scaffoldソフトウェアを使用して、詳細情報が確認できます。




 

二次元電気泳動受託解析サービスについて

 
サンプル
組織、培養細胞、血清、植物など、タンパク質が含まれる全てのサンプルにて受託解析 をお受けします。
サンプル抽出
有償にてサンプル抽出作業を行う事も可能です。
サンプル抽出作業費:¥5,000 / 1検体
※ タンパク濃度が低いサンプル、もしくは、脱塩処理が必要なサンプルに関しては、アセトン沈殿処理も行います。
実験仕様
一次元目 … 18cm 固定化pH勾配ゲルストリップ (Immobiline DryStrip (GE Healthcare)など) にて、
                    pH4-7 もしくは  pH3-10NL より選択
二次元目 … 10.0%、もしくは、12.5% SDSポリアクリルアミドゲルより選択
染色方法 … SYPRO Ruby(蛍光染色)
撮影 … フルオロホレスター3000 (600万画素冷却CCDカメラ)
画像解析
二次元電気泳動画像解析ソフトウェア・SameSpots(Totallab社)にて解析。
変動しているスポットの中から2倍以上の差異のあるスポット情報を報告します。
また、全てのスポットの画像解析結果のデジタルデータ(CD-ROMなど)を報告します。
納期
約3週間
その他
有償にて、ProQ Diamond染色による、リン酸化タンパク質の変動解析を行う事も可能です。
補足事項
ご使用中の質量分析装置で解析を行う場合は、報告書と合わせて実験で取得したポリアクリルアミドゲルを返却します。 また、有償にてポリアクリルアミドゲルから目的スポットの回収作業を行う事も可能です。
注意
感染性のあるサンプルは取り扱いできません。
感染性が疑われる場合には不活性処理を行ったサンプルを送付ください。
定価
¥60,000 / 1検体


質量分析 LC-MS/MSサービスについて

 
解析内容
ハイブリッドフーリエ変換LC-MS/MS Q Exactive(Thermo Scientific社)などの質量分析装置にて解析を行います。解析作業は米国にて行います。
報告内容
Scaffoldファイルとデータファイル(Excel)を報告します。Scaffoldファイルは、Scaffoldソフトウェアを使用して詳細情報が確認できます。
納期
約2週間
補足事項
SDSポリアクリルアミドゲルから、スポットを回収する場合は、別途にて費用が掛かります。
スポット回収費:¥5,000 / 1スポット
定価
¥100,000 / 1スポット
 


※ お問い合わせ等、記入頂いた個人情報は、細心の注意を払って厳重に管理いたします。
※ 本ページ上の情報は、Thermo Scientific社のホームページに掲載されている情報を引用しております。
※ カタログおよび、本ページ記載の定価には消費税は含まれておりません。