特徴

● SpotQuestは、SameSpotsと同じ歪み補正・スポット検出アルゴリズムを採用した普及版ソフトウェアです。

● ワークフローガイドに従うだけの簡単操作で、画像の取り込みからレポートの作成まで、誰でも簡単に解析を行うことができます。

● 独自のワークフローとアルゴリズムによりゲル間マッチングの問題を解決し、多くのゲルを短時間で解析することができます。

● 2D DIGE解析に標準対応
    内部標準を活用して濃度補正を行う事により、より正確な分析結果を得る事ができます。

 

ワークフロー

　　　　　　　

1：画像解析を行う二次元電気泳動画像データを取り込み ソフトウェアが自動で画像のQCを行います。解析に適した画像には「No Problems found」が表示されます。解析に適さない画像には赤字でエラーメッセージが表示されます。 画像解析から除外したい画像が有る場合は、その画像を選択して、解析対象から除外する事が出来ます。 画像の向きが揃っていない場合は、それぞれの画像を90°回転、上下反転、左右反転、あるいは白黒逆転して画像の向きを揃える事が出来ます。

 

2：基準となる画像（リファレンス画像）を選択 リファレンス画像を選択します。

 

3：解析エリアを指定 リファレンス画像から解析を行う領域を指定します。分子量マーカーの領域や、ゲルの淵部分などの解析に不必要な領域は取り除きます。

 

4：リファレンス画像に対して、その他すべての画像をアライメント アライメントとは、ゲル間でもスポットの位置のズレを修正する作業の事です。二次元電気泳動では、ゲルの歪みの違いなどが原因で、例え同じサンプルを泳動したとしても、泳動間でスポットの出現位置にズレが生じます。このズレを補正する作業がアライメントです。 手動で対応するスポットを合わせて、「Accept vector」を選択します。ゲルの各エリアが表示されて、10ヵ所のスポットに対して「Accept vector」を選択します。解析を行う各ゲルで、10ヵ所の「Accept vector」を選択後に、自動アライメントが行われます。

 
 

自動アライメント後の画像です。 ピンクはリファレンス画像、グリーンはその他の画像を表します。2つの重なった部分はブラックにて表示されます。ピンク、もしくは、グリーンで表示された残ったスポットで、対応するスポットが有る場合は、手動で補正します。

 

5：スポットの検出 ソフトウェアが自動でスポット検出を行います。SpotQuestでは、全てのゲル間で、同じフレーム形状でスポットの一括検出が行われます。その為、全てのゲルで、同じフレーム形状の同じ数のスポットが検出されます。また、どれか一枚のゲルで存在するスポットは、他のスポットゲルでも同じフレーム形状で検出されるので、欠損値が生じません。 不要なスポットの削除は、スポット体積、スポット面積、ゲルエリアの3種類で行う事が出来ます。

 

6：画像データを実験群毎にグループ分け 画像データを実験群毎に選択し、各グループに振り分けます。 左図は、2枚の画像を、2グループに分けています。

 

7：変動しているスポットを絞り込み 各スポットの解析結果が表示されます。このセクションでは、解析結果を確認し、変動しているスポットの絞り込みを行います。スポットの追加、分割、統合などの修正も可能です。 複数枚のグループ間の比較を行う場合は、Anova（一元配置分散分析の危険率（p値））が低い順番に表示されます。また、単数枚の比較を行い場合は、Fold（発現変動率）が高い順番に表示されます。変動しているスポット候補には、チェックを入れます。

 

各スポットは、３D画像などで確認する事が可能です。

 

8：解析結果のレポート出力 変動しているスポット群は、HTML形式のレポートを自動で作成する事が可能です。レポートは、チェックで絞り込んだスポットに関して作成できます。

 

 

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